Batman: Arkham Origins espande Gotham City e si presenta come un prequel la cui storia è ambientata prima degli eventi di Batman: Arkham Asylum e Batman: Arkham City, i primi due acclamati capitoli della serie. Ambientato prima della rivolta dei più pericolosi criminali di Gotham City, il gioco presenta un giovane e rozzo Batman che affronta un momento chiave nei primi passi della sua carriera di combattente del crimine lungo il percorso per diventare il Cavaliere Oscuro. Nel prosieguo della storia i giocatori incontreranno molti importanti personaggi per la prima volta.