In Samurai Western si vestiranno i panni di un giovane samurai chiamato Kiryu Goujiro, giunto in America per ritrovare le orme del suo vecchio fratello scomparso. Il protagonista crede fermamente nel codice d'onore del Bushido e ritiene che la spada giapponese sia l'arma più potente in tutto il mondo, anche di fronte alle pistole. In questo senso, Goujiro sarà in grado di respingere i proiettili avversari e restituirli direttamente al mittente o di prodursi in una sorta di balzo repentino in avanti, per accorciare le distanze con l'eventuale pistolero e punirlo con la sua spada.
Per la prima volta nella storia della serie, infine, Samurai Western non sarà più caratterizzato da un'esplorazione di tipo "free roaming" ma sarà suddiviso in stage e in mappe interconnesse: questo non andrà però ad incidere sulla grandezza totale della mappa - circa quattro volte più imponente di quella presente in Way of the Samurai 2.